考试含金量不同
虽然函授本科和自考的本科证书都是国家承认的学历，但是在社会上的认可度，自考认可度更高。
函授本科入学，严进宽出。但自考出来的证书，是除统招之外含金量最高的学历。通过率低、宽进严出的筛选方式，一定程度上保证了考生本身踏实、勤学的优势。
招生对象不同
除个别省份要求报考自考本科必须出示专科毕业证书之外，大多数省份都可以直接报名自考本科，也就是说，还没取得专科学历的同学，可以同时进行专科和本科的考试，只需要在本科申请毕业时，出示专科学历即可。
函授本科，报考高起专、本科的考生必须具有高中毕业文化程度;报考专升本的考生必须是具有教育部审定核准的国民教育系列高等学校、高等教育自学考试机构颁发的专科毕业证书或
